V roku 1925 sa zámerne nakazil syfilisom a kvapavkou od svojho pacienta, ktorý trpel obidvomi pohlavnými chorobami. Myšlienku, že obe choroby majú spoločného pôvodcu, sa mu nepodarilo potvrdiť.
Pokúsil sa o prvé umelé oplodnenie
Hunter okrem iného popísal rakovinu prsníka a úspešne ju niekoľkokrát operoval. Jeden z jeho pacientov za ním prišiel s úrazom hlavy. Lekár prvýkrát zistil, že má subdurálny hematóm, teda taký druh krvácania mozgu, pri ktorom krv z poranenej cievy vyteká pod tvrdú plenu mozgovú.
Napísal tiež niekoľko kníh, napríklad o histórii ľudských zubov, o pohlavných chorobách, zápaloch či strelných ranách.
Hunter bol osobným chirurgom britského kráľa Juraja III., ako aj generálnym chirurgom britskej armády a vedúcim členom Kráľovskej spoločnosti, kde školil ďalších mladých doktorov. Patril k nim napríklad aj Edward Jenner, ktorý objavil vakcínu proti kiahňam.
V roku 1790 vykonal prvé zdokumentované umelé oplodnenie. Mužovi s rázštepom močovej trubice odobral spermie, vďaka ktorým umelo oplodnil pacientku.
Zomrel o tri roky neskôr na infarkt.
