V rokoch 1971 – 1990 pracoval v Štátnom projektovom ústave obchodu (ŠPUO) v Bratislave, kde vytvoril viaceré významné obchodné stavby. V rokoch 1971 – 1979 pracoval súčasne v súkromnom ateliéri s profesorom Vojtechom Vilhanom, svojím bývalým pedagógom. Z tohto obdobia pochádzajú stavby vládneho salónika v starej budove letiska v Bratislave, jeho rekonštrukcie a interiéry haly (1973 – 1974) a interiér Štátnej banky československej v Žiline (1976 – 1979).
V roku 1990 začal Ján M. Bahna učiť na VŠVU v Bratislave. Súčasne založil AA ateliér architektúry. Počas celej svojej architektonickej tvorby realizoval a rekonštruoval ako autor, respektíve vedúci kolektívu autorov viac ako 60 objektov, väčšinou v Bratislave.
Povesť priekopníka slovenskej postmoderny si získal v polovici 80. rokov 20. storočia, keď sa zrealizoval jeho projekt Obchodného domu v bratislavskom Ružinove (1984). Naprojektoval aj Dom odievania na Nám. SNP v Bratislave (1985) a zrekonštruoval bratislavské objekty obchodný dom Pionier (1994) a kino Metropol (1996).
Za centrálu Všeobecnej úverovej banky (VÚB) na Mlynských nivách v Bratislave (1996) získal kolektív autorov z AA ateliéru architektúry v roku 1997 najvyššie ocenenie v tvorbe slovenských architektov, Cenu Dušana Jurkoviča.
Ján Miloslav Bahna zrealizoval ešte mnoho ďalších zaujímavých stavieb v Bratislave, napríklad centrálu Československej obchodnej banky alebo budovu Evanjelickej bohosloveckej fakulty Univerzity Komenského. Podieľal sa na rekonštrukciách víl v Horskom parku, rekonštruoval Univerzitnú knižnicu a Lisztovu záhradu s hudobným pavilónom, rekonštruoval aj Slovenskú sporiteľňu, Manderlove domy, Lettrichovu vilu, navrhol nadstavbu VŠVU. Podľa jeho návrhu zrekonštruovali synagógu v Leviciach.
Ocenenie Bratislavská čučoriedka si úspešný architekt prevzal v roku 2006. V roku 2012 vydal v spoluautorstve knihu Vily nad Bratislavou.
