V rokoch 1936 – 1938 už malo Slovensko svoju inteligenciu, intelektuálov, vzdelancov, spisovateľov, filozofov či právnikov. Univerzita sa stala nielen liahňou novej slovenskej inteligencie, ale aj kolískou modernej slovenskej vedy a výskumu. Mníchovská dohoda, ktorá viedla k rozpadu ČSR, však zasiahla aj do života univerzity. Vládni predstavitelia vojnovej Slovenskej republiky (1939 – 1945) premenovali Univerzitu Komenského na Slovenskú univerzitu.
Vyvíjali silný tlak na zrušenie akademických slobôd, voliteľnosť akademických funkcionárov, odstránenie habilitačného pokračovania. Za jedno z mála pozitív z tohto obdobia možno vyzdvihnúť zriadenie Prírodovedeckej fakulty a začlenenie katolíckej bohosloveckej fakulty do zväzku univerzity. Po skončení druhej svetovej vojny vysokoškolský zákon z 18. mája 1950 priniesol reformu štúdia a politické čistky na vysokých školách.
Napriek direktívnym zásahom zo strany štátnych a straníckych komunistických orgánov a ideologizácii univerzitného života zastávala Univerzita Komenského popredné miesto vo výchove odborníkov v mnohých oblastiach vedy a kultúry. Postupne pribúdali nové fakulty: pedagogická (1946), farmaceutická (1952), Fakulta telesnej výchovy a športu (1960), Lekárska fakulta (LF) v Martine (pobočka bratislavskej fakulty v rokoch 1962 – 1969, od roku 1991 premenovaná na Jesseniovu LF UK), Matematicko-fyzikálna fakulta (vznikla v roku 1980 oddelením od Prírodovedeckej fakulty). Výrazne narastal aj počet jej študentov.
Vývoj po novembri 1989 priniesol pozitívne zmeny do vzdelávacieho procesu na UK. Zrušili sa predmety, ktoré mali ideologický charakter a tiež unifikované študijné plány. Zákon zo 4. mája 1990 vytvoril legislatívne predpoklady na návrat univerzity do európskeho akademického spoločenstva. Popri päťročnom magisterskom a na lekárskych fakultách šesťročnom doktorskom štúdiu sa na niektorých fakultách uskutočňuje aj trojročné bakalárske štúdium.
Na univerzite sa realizuje vo všetkých základných disciplínach aj postgraduálne doktorandské štúdium. Vytvorili sa podmienky na opätovný vstup Rímskokatolíckej cyrilo-metodskej bohosloveckej fakulty, ako aj včlenenie Evanjelickej bohosloveckej fakulty do zväzku Univerzity Komenského.
V súčasnosti má univerzita 13 fakúlt, na ktorých študuje vyše 23.000 študentov a pracuje približne 4000 zamestnancov. Univerzita je najväčšou slovenskou vysokou školou a najkomplexnejšou univerzitou klasického typu na Slovensku.
