Na druhej strane kontrolóri pri dvoch projektoch zistili, že projekty (JLF UK Martin a UPJŠ Košice) neboli ukončené v stanovených termínoch, čo ohrozuje ich preplatenie z európskych zdrojov. Šéf slovenských kontrolórov upozorňuje, že Slovensko je dlhodobo pod priemerom EÚ v prípade investícií do vedy a výskumu. Ak je v Únii priemer 2 % HDP, my sme pod percentom, pričom výrazný podiel na výslednej sume tvoria európske financie.
„Slovenská veda a výskum tak do veľkej miery závisia od európskych štrukturálnych a investičných fondov,“ uzatvára Ľ. Andrassy.
Riziká súvisiace s pandémiou spôsobenou ochorením COVID-19 riešil kontrolný úrad vo viacerých prierezových a tematických kontrolách. Problém so vznikom a šírením prenosných ochorení, ako aj s pripravenosťou krajiny na mimoriadne situácie spôsobené infekčnými chorobami, identifikovali slovenskí kontrolóri s ich európskymi partnermi už v roku 2019. Následne úrad preveril konanie štátu počas covidovej pandémie a závery sú známe aj z kontrol a analýz zameraných na covidovú Prvú pomoc pre podnikateľov, príjmy obcí na poskytovanie služieb občanom počas pandémie či znižovanie dopadov pandémie.