Neprávoplatný rozsudok však vlani v septembri zrušil odvolací Vrchný súd v Prahe. Okrem iného uviedol, že oslobodzujúci verdikt mal vady, ktoré odvolací senát nemohol sám napraviť. Postup trestného senátu pri spracovaní dôkazov bol podľa odvolacieho súdu „nepresvedčivý, nedôsledný a neúplný“. Mestský súd podľa neho niektoré dôkazy odignoroval, k ich hodnoteniu pristupoval selektívne a nepodrobil ich komplexnému hodnoteniu. To podľa odvolacieho súdu viedlo až k„hypotetickým záverom“. Napadnutý rozsudok tak obsahoval rozpory a zistenia, ktoré podľa vrchného súdu vyznievajú nelogicky.
Babiš dlhodobo tvrdí, že kauza je politicky motivovaná
Mestský súd by sa podľa odvolacieho senátu mal napríklad dôslednejšie zaoberať tým, akú mal zamýšľaný projekt ekonomickú perspektívu. Musia podľa neho znovu vypočuť spracovateľov znaleckých posudkov. Odvolací súd tiež podriadenému súdu vyčítal, že Barešovej výpovede prikladal príliš veľkú váhu a nehodnotil ju ako rovnocennú s ostatnými dôkazmi. Mestský súd podľa vrchného súdu dostatočne nevyriešil otázku, či obžalovaní účelovo vytvorili podmienky na získanie dotácie vyčlenením spoločnosti z Agrofertu. V uznesení však odvolací senát mestský súd nezaviazal ku konkrétnemu rozhodnutiu.
Babiš dlhodobo tvrdí, že je kauza politicky motivovaná a s obžalobou nesúhlasí. Vlani v novembri pripomenul, že jeho stíhanie bolo už raz zastavené a skorší najvyšší prokurátor Pavol Zeman ho následne obnovil. Verí, že mestský súd svoje predchádzajúce rozhodnutie potvrdí. Nagyová vlani označila rozhodnutie odvolacieho súdu za „veľké sklamanie“, tiež je presvedčená, že súd znovu vynesie oslobodzujúce rozhodnutie.
Polícia sa prípadom zaoberala od roku 2015, Babiš s Nagyovou boli stíhaní od roku 2017. Babiša musela na stíhanie niekoľkokrát vydať Snemovňa, najprv v septembri 2017, následne v januári 2018 v novom zložení a naposledy v marci 2022. Pražský mestský súd prípad začal prvýkrát prejednávať v septembri 2022.
