Argumentačne priblížil ich etnogenézu a dokázal kontinuitu vývoja slovenského jazyka, literatúry a kultúry na tomto území. V roku 1933 vyšiel pri príležitosti jeho osemdesiatin rozsiahly reprezentatívny Zborník na počesť Jozefa Škultétyho, do ktorého prispeli štúdiami najvýznamnejšie slovenské vedecké kapacity z oblasti jazykovedy, literárnej histórie a slovenskej historiografie za redakcie Andreja Mráza, Pavla Floreka a Henricha Barteka.
„Škultéty bol od mladosti napriek útlej postave povestný svojou obrovskou pracovitosťou, obdivuhodnou vytrvalosťou, nesmiernou obetavosťou a neobyčajnou skromnosťou, až pokorou. Aj po odchode do dôchodku v roku 1942 neprestal literárne pracovať,“ povedal pre TASR Pavol Parenička.
Jozef Škultéty zomrel 19. januára 1948 v Martine vo veku 94 rokov. Pochovali ho na martinskom Národnom cintoríne.
V roku 1969 vznikol na mieste hrobu náhrobný pomník z mrákotínskej svetlej žuly s bustou od Fraňa Štefunka, ktorý patrí medzi dominanty cintorína. Posmrtne vydala MS v rokoch 1984 až 1992 výber z jeho prác v siedmich zväzkoch pod súborným názvom Dielo.
Dňa 23. septembra 2020 odhalili bustu Jozefa Škultétyho v aleji pamätných búst v Parku sv. Cyrila a Metoda pred sídelnou budovou Matice slovenskej v Martine.
