Ani jeden z kandidátov nezískal dostatočný počet hlasov, a tak sa o deň neskôr konalo druhé skrutínium. Poslanci si vyberali z dvoch kandidátov, ktorí získali v prvom skrutíniu najväčší počet hlasov. Roman Kováč (dostal 78 hlasov) a Milan Ftáčnik (získal 31 hlasov) však nedosiahli potrebných 90 hlasov. HZDS tak navrhlo do ďalšieho kola volieb Michala Kováča, ktorého podporili SNS a aj SDĽ.
Poslanci parlamentu 15. februára 1993 zvolili Michala Kováča za prezidenta SR. Za jeho zvolenie hlasovalo 106 zo 148 poslancov. Michal Kováč ukončil funkčné obdobie 2. marca 1998 odovzdaním prezidentských právomocí vláde SR, pretože sa počas jeho funkčného obdobia nepodarilo v parlamente zvoliť jeho nástupcu.
Po parlamentných voľbách, ktoré sa konali 25. a 26. septembra 1998, sa nová vládna koalícia dohodla na zmene spôsobu voľby prezidenta, ktorého si odvtedy volia občania SR priamo.
Prvé kolo historicky prvej priamej voľby prezidenta sa konalo 15. mája 1999 a zúčastnilo sa ho 73,89 percenta voličov. O post prezidenta sa uchádzali Rudolf Schuster (SDK, SMK, SDĽ a SOP), predseda HZDS Vladimír Mečiar, predseda SNS Ján Slota, Ján Lazarčík za KSS, Ján Demikát za Koalíciu sociálno-ľavicovo orientovaných strán (KSĽOS) a nezávislí kandidáti Magda Vášáryová, Ivan Mjartan, Juraj Švec, Boris Zala. Michal Kováč sa pred prvým kolom vzdal kandidatúry.
Víťazom prvého kola sa so ziskom 47,37 percenta hlasov stal Rudolf Schuster. Druhého Vladimíra Mečiara podporilo 37,23 percenta voličov. Obaja sa stretli v druhom kole volieb, ktoré sa konalo 29. mája 1999 s účasťou 75,45 percenta. Víťazom a prezidentom sa stal Rudolf Schuster, ktorého volilo 57,18 percenta voličov. Mečiara podporilo 42,81 percenta.
Prvé kolo druhej priamej voľby prezidenta sa uskutočnilo 3. apríla 2004 a zúčastnilo sa ho 47,94 percenta oprávnených voličov. Za prezidenta kandidovali predseda HZDS Vladimír Mečiar, predseda HZD Ivan Gašparovič, Eduard Kukan (SDKÚ), poslanec NR SR za KDH František Mikloško, bývalý veľvyslanec SR v USA Martin Bútora, Ján Králik (SDĽ, SDSS, Združenie žien Slovenska), Jozef Kalman (Ľavicový blok) či nezávislí kandidáti Rudolf Schuster, Július Kubík, Ján Šesták, Stanislav Bernát. Ľubo Roman sa kandidatúry pred prvým kolom vzdal.
(Článok pokračuje na ďalšej strane)
