Růžička sa po hráčskej kariére vrhol na trénerskú a dlhých 15 rokov pôsobil v Slavii Praha. Popri extraligovom A-mužstve trénoval aj mládežnícke tímy, na starosti mal aj športový úsek. V najvyššej českej súťaži doviedol mužstvo k titulom v rokoch 2003 a 2008. Najväčšie úspechy dosiahol ako tréner českého reprezentačného mužstva.
Začal ako asistent Josefa Augustu, ktorý tiež viedol bratislavský Slovan v závere trénerskej kariéry (2005/06). Do pozície hlavného kormidelníka sa Růžička posunul pred sezónou 2004/2005. Začal ju účasťou na Svetovom pohári, na ktorom mužstvo stroskotalo v semifinále.
V sezóne, v ktorej sa NHL nehrala, sa na MS vo Viedni predstavilo viacero hviezd profiligy a Růžička doviedol svoj tím k zlatým medailám. V reprezentácii následne skončil a vrátil sa k nej v roku 2009. Dvojročné obdobie ukončil ďalším titulom majstra sveta, ktorý Česi získali na MS 2010 v Nemecku. Tretíkrát, a naposledy, sa stal trénerom národného mužstva vo februári 2014 a po MS z neho definitívne odišiel.
V roku 2015 podpísal s vtedajším extraligovým klubom z Chomutova nevídaný 10-ročný kontrakt. K jeho naplneniu napokon nedošlo, keďže zadĺžený klub v roku 2019 vypadol z extraligy. Růžička následne dva roky viedol tím Hradca Králové, neskôr nahradil Vladimíra Országha v pozícii hlavného trénera Litvínova. Počas sezóny 2022/2023 ho vedenie klubu odvolalo z funkcie.
Člen Siene slávy českého hokeja bol kapitánom ikonického českého národného mužstva, ktoré získalo zlatú olympijskú medailu na ZOH 1998 v Nagane.
