V 90. rokoch 20. storočia patril k hlavným iniciátorom odsunu sovietskych vojsk z územia ČSFR. Bol totiž nielen poslancom Federálneho zhromaždenia (FZ) Českej a Slovenskej Federatívnej Republiky (ČSFR), ale aj predsedom parlamentnej komisie pre dohľad nad odsunom sovietskych vojsk z Československa. Posledný sovietsky vojak – generálplukovník Eduard Vorobiov odišiel z Československa 27. júna 1991.
K tejto udalosti usporiadal Pražský výběr sériu koncertov pod názvom Adieu C.A. Na záverečnom koncerte bol prítomný Václav Havel a ako hosť vystúpil aj americký gitarista, skladateľ a spevák Frank Zappa. Po odsune sovietskych vojsk odišiel Kocáb z politického života a venoval sa podnikaniu a hudbe.
Pôvodná formácia Pražského výběru sa rozpadla, a preto v roku 2006 založil projekt Pražský výběr II., ktorý vydal v roku 2007 album s názvom Vymlácený rockový palice. S Michalom Pavlíčkom a Vilémom Čokom obnovili v roku 2012 pôvodný Pražský výběr. Za hudbu k filmu režiséra Ivana Fílu Král zlodějů získal v roku 2004 filmové ocenenie Český lev.
Do politiky sa vrátil v roku 2008, kedy ako nestraník kandidoval za Stranu zelených, ktorá ho v roku 2009 nominovala na post ministra pre ľudské práva a národnostné menšiny. Funkciu ministra zastával od 23. januára 2009 do 29. marca 2010.
Prezident Slovenskej republiky Andrej Kiska udelil v roku 2017 Michaelovi Kocábovi štátne vyznamenanie Rad Bieleho dvojkríža II. triedy za mimoriadne zásluhy o všestranný rozvoj vzťahov medzi Českou republikou a Slovenskou republikou a o posilnenie postavenia Slovenskej republiky v medzinárodných vzťahoch.
Česká režisérka Olga Sommerová v roku 2022 nakrútila celovečerný dokumentárny film s názvom Michael Kocáb – rocker versus politik.
