Z obáv pred hroziacim nebezpečenstvom a deportáciami sa rodina Frankových rozhodla 6. júla 1942 ukryť v tajnej prístavbe na Prinsengracht 263. Spolu s nimi sa v zadnom trakte domu v centre Amsterdamu ukrývali aj ďalší štyria Židia. Do úkrytu viedol jediný vchod cez dvere skryté za špeciálnou otočnou knižnicou. Ich útočiskom bol viac ako dva roky, presne 761 dní až pokiaľ 4. augusta 1944 nevtrhla do ich úkrytu polícia a gestapo.
Anna Franková sa konca vojny nedočkala. Zomrela na týfus vo februári – marci 1945 (presný dátum nie je známy) v koncentračnom tábore Bergen-Belsen.
Holanďanke Miep Giesovej, ktorá ukrývala Annu Frankovú, jej rodinu a štyroch ďalších Židov pred nacistami, sa podarilo zachrániť Annin denník. Ten odovzdala jej otcovi so slovami: „Toto je dedičstvo vašej dcéry.“ Otto Frank, ktorý ako jediný z rodiny prežil holokaust, nedokázal spočiatku prečítať texty svojej dcéry. Približne po mesiaci „našiel silu tie riadky prečítať“ a úryvky z denníka poslal svojim príbuzným do Bazileja. Tí boli presvedčení o tom, že tento dokument by si otec Anny nemal nechať iba pre seba.
Denník Anny Frankovej vyšiel prvýkrát v roku 1947, teda niečo viac ako päť rokov po jej trinástich narodeninách, keď dostala denník. Odvtedy bola kniha preložená do približne 70 jazykov.
Unikátne svedectvo tragédie doby očami židovského dievčatka žije dodnes v rôznych podobách a dočkalo sa mnohých foriem umeleckého spracovania, pričom jej posolstvo je v čase rastúceho extrémizmu, antisemitizmu a popierania holokaustu čoraz nástojčivejšie.
